海洋生態(tài)保護(hù)與建設(shè)子系統(tǒng)主要用于開展保護(hù)區(qū)建設(shè)管理、生態(tài)環(huán)境評(píng)價(jià)及項(xiàng)目管理；海洋生物物種信息、海洋保護(hù)物種信息、海洋入侵生物物種信息的管理，海洋生物多樣性評(píng)估；典型生態(tài)系統(tǒng)信息及生態(tài)狀況評(píng)價(jià)；生態(tài)修復(fù)項(xiàng)目的申請(qǐng)審批及成果管理；生態(tài)紅線管理評(píng)估與建設(shè)項(xiàng)目預(yù)警；生態(tài)文明示范區(qū)申請(qǐng)審批與管理成效評(píng)估；海洋生態(tài)補(bǔ)償項(xiàng)目和生態(tài)損害賠償項(xiàng)目管理等工作。

海洋生態(tài)保護(hù)與建設(shè)子系統(tǒng)包括海洋保護(hù)區(qū)建設(shè)與管理、海洋生物多樣性保護(hù)、海洋生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)、海洋生態(tài)紅線區(qū)管理、生態(tài)文明示范區(qū)管理、海洋生態(tài)補(bǔ)償/賠償管理6個(gè)一級(jí)功能模塊。